工程的開發勢必對當地之自然生態環境造成不同程度之影響，因此為降低對生態環境之衝擊，於設計階段將透過迴避、衝擊減輕及棲地補償等三個原則逐一過濾評估，以期能對周圍生態之影響降到最低程度。
為落實並如期推動前述內容，並依據環保主管機關核備之環評書件定稿本所承諾各項環保對策，實施施工階段之指標生物研究，特成立「台9線蘇花公路山區路段改善計畫(蘇澳～東澳、南澳～和平、和中～大清水) 施工中暨營運階段指標生物研究計畫」。本處委由行政院農業委員會特有生物保育中心辦理，為發揮政府機關共同一體之行政機能，特生中心本著專業、客觀、尊嚴、無私之原則協助辦理，將可樹立未來重大工程開發與生態並重之良好範例。
本計畫工作主要分為兩大內容：
一、施工階段生態監測指標物種生物研究（101年–109年）
各研究調查內容分述如下：
(一) 設置比較樣區進行環境變遷比較
設置比較樣區進行環境變遷比較其主要在於分析工程對於環境之影響與干擾狀態，由分析結果本計畫於施工期間對於周邊環境之影響以噪音及揚塵最大，揚塵可由加強灑掃進行控制，而噪音部分之分析結果，主要影響範圍亦小於150m。因此應可設定出三類區域：施工區域、施工干擾區與非施工干擾區，其定義分別為工程圍籬內為施工區域，工程圍籬外150m 內為施工干擾區，工程圍籬以外250m為非施工干擾區，並以350m–500m 間設置比較樣區。施工期間主要評估施工干擾區與非施工干擾區之植被與野生動物干擾狀況。完工通車後則評估道路使用對環境之干擾情況。
(二) 生物遷徙廊道研究
各監測計畫若有發現本計畫區域沿線有物種進行大規模遷徙行為，即應針對該物種進行相關研究，以確保該物種不受本開發計畫影響。
(三) 洄游性物種監測
計畫道路完工後對水域生態影響隨工程減少，對其影響亦趨輕微，惟東部地區河流生物組成多屬洄游性物種，其組成受豐枯水期影響甚鉅，施工期間應針對沿線各溪流洄游性魚類與蝦蟹類進行分析研究。
(四) 淡水蟹保育
南澳澤蟹及太魯閣澤蟹為侷限分布物種，遷移能力較洄游型螃蟹差，侷限分布物種於棲息環境遭破壞時，族群數量將會減少甚至有完全滅絕危險，因此進行調查研究。
(五) 臺灣山羊研究調查
臺灣山羊為本區發現最大型野生哺乳動物，常為人為干擾及獵捕，保育及監測該物種對棲地及保育有指標意義。
(六) 翼手目動物研究調查計畫
翼手目動物常穿越車道並於路燈下捕食昆蟲，計畫路線沿線皆可發現，道路對其有潛在危害，翼手目動物為小型哺乳動物壽命最長，族群動態可反應生物毒性累積及人為活動干擾主要棲息環境為舊有礦坑及溝渠，應評估道路開發對其影響。
(七) 鳥類指標物種研究（猛禽+環頸雉）
猛禽：計畫路線對森林開發僅侷限隧道口，對大多猛禽（含日、夜行性猛禽）築巢並無干擾，預估對其活動及棲地影響輕微，但猛禽屬食物鏈高階掠食者，族群數量多寡與該區域食物來源豐富與否有關，可將其列為指標物種進行調查。
環頸雉：針對南澳地區溪流高灘地與漢本新生地之環頸雉族群進行監測。
(八) 兩棲類爬蟲類指標物種研究
蛇類：在本計畫的監測期間應將計畫路線沿線的蛇類分布與受路死個體數量進行記錄，以分析道路開發對於蛇類的影響程度，作為往後此區域道路開發的參考資料。
淡水龜：食蛇龜棲息環境以森林地層為主，柴棺龜偏愛水陸邊緣活動，本計畫隧道與路堤開挖整地，對棲息於該環境可能個體棲地將受到破壞，由於其遷移能力較低，工程開挖前應先進行施工區內族群調查，並利用人工捕捉，選擇另一棲息環境野放，工程進行間如發現其活動，則協助遷移至不受工程影響環境，並評估其復育之可行策略。
(九) 資料庫建置計畫
整合相關資訊以為環境長期變遷之分析基礎。
二、營運階段生態監測指標物種生物研究（106年–109年）
營運階段生態監測指標物種生物研究主要藉由各類別指標物種監測結果，評估完工通車後道路使用對環境之干擾情況等層面，來完整架構各層面所需之資訊。各研究調查除上述第一節之9項計畫外，另包含2項計畫如下：
(一) 燈光危害研究調查計畫
研究燈光對於鄰近地區生態環境之可能影響。
(二) 棲地切割與路死情況的研究調查
計畫路線於隧道口及部分路段仍穿越環境敏感區位，隨道路使用量增加，對沿線野生動物亦造成較大影響，應定期記錄沿線路死個體與動物通行廊道利用率，以研究山區道路開發對於兩側野生動物通行所造成的傷害程度，並作為往後該區段其他道路開發設置野生動物通行廊道的參考資料。