依據交通部100年3月2日交人字第1000001588號函轉行政院100年2月18日院授研綜字第1002260190號函核定成立「交通部公路總局蘇花公路改善工程處」，為「台9線蘇花公路山區路段改善計畫」的專責工程機關；組織架構下設設計、工程、用地、勞安等４科及秘書、人事、政風及主計等４室，並以工務段段址所在之「地名」命名，置蘇澳工務段、東澳工務段、南澳工務段、和中工務段、和平工務段等５個工務段。

民國107年1月15日

交通部公路總局組織法經行政院核定自107年1月15日施行，自是日起，公路總局及所屬機關人事制度由交通資位制改為簡薦委制。

民國109年4月13日

原依交通部公路總局蘇花公路改善工程處暫行組織規程規定，擬於「台9線蘇花公路山區路段改善計畫」工程完工後裁撤；惟為賡續執行「台9線蘇花公路安全提升計畫」等工程，經交通部109年4月13日交人字第1095004023號書函核復暫緩裁撤。

民國110年8月16日

本處為新建工程機關，工務段段址應隨工程進度搬遷至適合地點，且考量本處以「地名」方式命名工務段，已無法正確區辨，易造成混淆；經交通部公路總局110年8月16日路人力字第1100097661號函同意所屬工務段段名改以「數字編排」方式命名，工務段段名更名對照為：蘇澳工務段更名為「第一工務段」、東澳工務段更名為「第二工務段」、南澳工務段更名為「第三工務段」、和中工務段更名為「第四工務段」及和平工務段更名為「第五工務段」。

民國112年9月15日

交通部公路局組織法經行政院核定自112年9月15日施行，因應行政院組織改造，機關修編由「交通部公路總局蘇花公路改善工程處」更名為「交通部公路局蘇花公路改善工程處」，勞安科配合更名為職安科。