交通部於民國八十年代起推動「國道東部公路蘇澳花蓮段」(以下簡稱「蘇花高」)之建設，惟歷經十餘年規劃設計與環境影響評估作業，社會各界對高快速道路之開發及影響仍有不同意見，致97年04月25日環保署環境影響評估審查委員會第166次會議，認為蘇花高計畫是否符合「東部永續發展綱要計畫」及「臺北與東部地區間運輸系統發展政策評估說明書」尚有疑義，決議退回開發單位先予釐清。
97年05月20日馬總統就任後，針對花蓮地區之聯外交通必須全面性考量提出一最適當方案。因此交通部於97年09月責成公路總局針對蘇花公路之改善提出一完整之計畫，公路總局隨即收集蘇花公路相關養護及改善資料並請國公局提供蘇花高所有相關之資料後，97年10月提報台9線蘇花公路山區路段改善計畫可行性研究、規劃報告及環評等相關委託預算，奉行政院97年11月10日核復原則同意。
台9線蘇花公路自早期的步道起，大多以開鑿山壁所建造，又因地質條件與濱臨太平洋，因此，一直面臨岩石風化與剝落之窘境，從步道、單車道，到雙車道改善後，現實條件從沒改變，故現況維護與改善一直是公路局持續辦理之重要工作。但對於以原路的改善方式，是無法大幅提升其抗災能力。
因此，自民國79年間，交通部提出環島高速公路概念，79年間行政院核定「改善交通全盤計畫」，明訂臺灣地區未來應完成環島高(快)速公路網，交通部據此著手辦理東部高速公路之踏勘、調查與可行性研究，於87年間開始辦理工程規劃與環境影響評估作業，89年02月完成環評審查，並奉行政院於91年底核定建設計畫。
惟蘇花高速公路之工程性質、構築方式(長隧道)及對花東地區之影響等，與當時正在施工中之北宜高速公路對相關環境影響議題相似，故遭環保團體提出相當之質疑意見。另花東地區之民眾對花蓮往北需有一條安全回家之路，強烈要求交通部儘速展開蘇花高速公路之闢建。正反雙方同樣在為維護花蓮地區之永續發展下，造成雙方嚴重對立。因此蘇花高速公路最終遭環保署環境影響評估審查委員會退回。
考量蘇花公路亟需改善早為社會共識，為回應東部民意「安全回家的路」之訴求，交通部從「社會正義」之觀點切入，並兼顧「環境保護」之理念，重新歸零思考，對蘇花路廊之運輸究竟應如何解決。東部地區具有獨特的地域發展課題，行政院96年核定東部永續發展綱要計畫，其中明確揭示東部地區是臺灣最後一塊淨土，東部的發展不能追逐西部的模式。因此如何建設東部為具備多元文化特質、自然生態景觀、優質生活環境與國際級觀光景點之區域永續發展典範，成為眾所關注的議題。
蘇花高速公路係屬交通部規劃之環島高速公路之一環，自民國80年代起進行可行性評估與環境影響評估等相關作業。惟蘇花高速公路之工程性質、構築方式(長隧道)及對花東地區之影響等，與當時正在施工中之北宜高速公路之相關環境影響議題相似，故遭環保團體提出相當程度之質疑意見。另花東地區之民眾以對花蓮往北應有一條安全回家之路之訴求，強烈要求交通部儘速展開蘇花高速公路之闢建。正反雙方同樣在為維護花蓮地區之永續發展下，造成雙方情感之撕裂。因此蘇花高速公路最終遭環保署環境影響評估審查委員會退回。
交通部考量蘇花高速公路短期內無法完成環評法定程序，台9線蘇花公路亟需改善早為社會共識，為回應東部民意「安全回家的路」之訴求，交通部從「社會正義」之觀點切入，並兼顧「環境保護」之理念，重新歸零思考，考量蘇花路廊之運輸究竟應如何解決。
東部地區具有獨特的地域發展課題，行政院96年核定東部永續發展綱要計畫，其中明確揭示東部地區是臺灣最後一塊淨土，東部的發展不能追逐西部的模式。因此如何建設東部為具備多元文化特質、自然生態景觀、優質生活環境與國際級觀光景點之區域永續發展典範，成為眾所關注的議題。
蘇花公路改善只是東部地區運輸改善眾多計畫之一環，且未來東部運輸仍以鐵路為主，公路為輔，因此鐵路部分目前正積極辦理東線鐵路客車購置、花東線電氣化及雙軌化，以及場站設施之改善等，預計完成後將可有效提昇東部鐵路運能，此外交通部亦將持續辦理鐵公路間轉乘設施及公共運輸之強化，以及自行車道路網之建置，期能將花東地區建構成為綠色運輸之典範。